１.血象：急性病例白细胞总数及中性粒细胞有中等度升高，慢性病人可有轻度贫血。
２.粪便检查：典型痢疾粪便中无粪质，量少，呈鲜红粘冻状，无臭味，镜检可见大量脓细胞及红细胞，并有巨噬细胞，培养可检出致病菌，如采样不当，标本搁置过久，或患者已接受抗菌治疗，则培养结果常不理想，常用的鉴别培养基为SS琼脂和麦康凯琼脂。
１.阿米巴痢疾：起病一般缓慢，少有毒血症症状，里急后重感较轻，大便次数亦较少，腹痛多在右侧，典型者粪便呈果酱样，有腐臭，镜检仅见少许白细胞，红细胞凝集成团，常有夏科-雷登氏结晶体，可找到阿米巴滋养体，乙状结肠镜检查，见粘膜大多正常，有散在溃疡，本病易并发肝脓肿。
２.流行性乙型脑炎：本病表现和流行季节与菌痢(重型或中毒型)相似，后者发病更急，进展迅猛，且易并发休克，可以温盐水灌肠并做镜检及细菌培养，此外，本病尚应与沙门氏菌感染，副溶血弧菌食物中毒，大肠杆菌腹泻，空肠弯曲菌肠炎，病毒性肠炎等相鉴别，慢性菌痢应与慢性血吸虫病，直肠癌，非特异性溃疡性结肠炎等鉴别。
