阴道假丝酵母菌病的病原体80%以上为白假丝酵母菌，少数为光滑、热带假丝酵母菌等。白假丝酵母菌有酵母相及菌丝相两个相，前者为芽生孢子，在无症状寄居及传播中起作用；菌丝相为芽生孢子伸长成假菌丝，能侵袭组织而致病。白假丝酵母菌为条件致病菌，10%～20%非孕妇女及30%孕妇阴道中有此菌寄生，但菌量极少，呈酵母相，不引起症状。只有在全身及阴道局部免疫力下降，假丝酵母菌大量繁殖，并转变为菌丝相，才引发阴道炎症状。常见诱发因素有妊娠、糖尿病、免疫抑制剂及广谱抗生素的大量应用等，服用避孕药、肥胖及穿紧身化纤内裤亦可诱发此病。
传染途径主要为内源性传染，假丝酵母菌除寄生阴道外，也可寄生于人的口腔、肠道，这三个部位可互相传染，引起感染；少部分患者可通过性传播；极少患者可能通过接触感染的衣物间接传染。