目前，臭鱼症不能被治愈，且也没有被批准的药物可以用来治疗臭鱼症，但是臭鱼症的症状可以通过改变某些固定的生活方式改善。必要时，需要口服药物治疗（在下文列出）。

1、饮食

可以通过避免进食富含三甲胺、胆碱和氧化三甲胺的食物减少气味，包括：蛋、肝、肾、豌豆、豆类、花生、豆制品、牛奶、芽球甘蓝、西兰花、卷心菜、菜花和海鲜（鱼类和甲壳类动物），可以进食淡水鱼，但应避免食用卵磷脂及鱼油等营养补充剂。如果处于孕期，那么在开始限制饮食前需要咨询营养师或是专业的医生。

2、药物治疗

口服低剂量的抗生素能够抑制肠道细菌生长，减少三甲胺的生成。但是为了避免出现抗生素耐药的情况，抗生素不能长期使用，应该每隔两周交替使用。泻药可以加快肠道食物的排出，从而减少肠道中的三甲胺。也可以通过其他辅助方法减少肠道三甲胺的浓度，如口服木炭 750mg/次，每日两次，疗程为10天；叶绿素铜 60mg/次，一天三次，疗程为3周；补充维生素B12，提高FMO3酶的活性。在尝试上诉任何一个药物治疗和辅助治疗方法前，需要咨询专业的医生。

3、 改变生活方式

避免激烈运动和压力。尽量选择简单的运动方式和学习如何应对压力会帮助缓解症状。使用pH在5.5-6.5的肥皂和洗发水，可以帮助清除皮肤和头发由三甲胺引起的臭味。

4、心理辅导与遗传咨询

臭鱼症会引起患者烦躁不安，可能会影响患者的个人生活和职业生涯。抑郁和社交孤立常见。心理辅导可以帮助患者应对抑郁及其他心理症状。

遗传咨询可以帮助患者理解疾病的发生发展，以及疾病传给下一代的风险。