阴茎癌的治疗将取决于受影响组织区域的大小和癌症扩散的速度。例如，大多数原位癌只有阴茎的皮肤细胞受影响，治疗通常涉及使用化疗霜剂或激光手术去除受影响的皮肤区域。对于非早期阶段的阴茎癌的主要治疗方法是：（1）手术；（2）放射治疗；（3）化疗。

在大多数情况下，阴茎在手术后需要重建手术。医生可以从身体的其他地方（皮肤和肌肉）取材重建一个阴茎。然而，通过早期诊断和现代外科技术，外科医生通常能够保留尽可能多的阴茎组织。在治疗阴茎癌的时候，医生将评估腹股沟中的淋巴结以确定癌症是否已扩散,称为前哨淋巴结活检。在一些情况下，淋巴结可能也需要通过手术切除。与大多数类型的癌症一样，个体病例的治疗效果在很大程度上取决于癌症在诊断时的进展程度。