１.内科治疗
内科治疗是胰腺脓肿治疗的基础，积极的抗感染治疗可预防菌血症和脓肿并发症的发生，当外科手术后及经皮穿刺引流亦需要积极的抗感染治疗，根据病原菌体外培养，针对感染的细菌，合理选择有效抗生素。根据药代动力学研究，应用能够透过血胰屏障的抗生素，如喹诺酮类药物或三代先锋霉素。如不能确定感染菌，一般是多种抗生素的联合应用。
其次应用强效胰抑制剂，尽可能给予全身支持治疗，补充蛋白、脂肪、糖、维生素、电解质等。
２.经皮穿刺引流
在超声或CT引导下经皮穿刺脓肿，再放置导管引流，可作为胰脓肿的初期或单个脓肿积聚的治疗，但经皮放置的导管较细，很难将坏死物碎屑和稠厚的脓液引流出来，常常需要放置多根引流导管，引流成功率9%～15%，故不能代替手术引流。
３.手术治疗
胰腺脓肿治疗愈早，效果愈好。查出所有脓肿并进行彻底引流，是治疗成功的先决条件。术后脓肿持续存在和复发的主要原因往往是引流不畅。
