１.手术方案应根据肛门癌的生长部位、侵袭范围、转移情况以及患者的具体情况加以选择
（１）经腹会阴联合根治性切除术 此种手术主要用于肛管癌或肛门周围癌侵犯肛管时。手术方法可参考直肠癌的有关手术。
（２）局部切除术 此种手术适用于肛门或肛管皮肤癌变范围不大，基本上不延及肛门内，深度未侵及括约肌，病理检查证明细胞分化较高的病变。
２.放射治疗
肛门部鳞状细胞癌和基底细胞癌，对放射线甚为敏感。根据患者的全身情况及肿瘤的局部情况，可选择使用X线体外放疗、镭放疗、钴放疗、电子加速器放疗，也可结合手术治疗。在术前应用可提高切除率，术后应用则可减少复发，提高疗效。
３.化疗
大剂量化疗可清除手术或放疗无法清除的亚临床转移灶，同时增加组织对放疗的敏感性。常用的化疗方案有顺铂+5-FU或5-FU+丝裂霉素（MMC）。联合化疗和放疗同时应用可明显降低远处转移的发生率。
