虽然父母总在该病确诊后告诉医生，患儿开始发病时他们就察觉到一些早期症状，但雷特综合征在发病的前几个月并不易被察觉。父母一般首先是察觉到患儿发育迟缓，然后发现患儿开始出现症状。专家们通常把该疾病分为四个期，可能每个期的症状有重复。各期主要症状如下：

第一期：早期停滞期

症状通常出现在婴幼儿6-18月龄时，婴幼儿发育迟缓并出现早期表现，主要包括（1）总体发育迟缓或停滞；（2）肌张力减退（肌肉松软）；（3）喂食困难；（4）上肢异常运动（如用双手反复进行拧、拍、洗涤等动作）；（5）对玩具缺乏兴趣；（6）躯干和四肢不协调。

第二期：生长发育倒退期

也称退化期或快速发育倒退期，通常发生在1-4岁，持续数周或数月。在这一期，患儿会突然或逐渐失去一些正常能力，比如沟通、语言、学习、协调和其他大脑功能等。主要症状包括（1）双手失用（手不能有目的地运动，双手出现重复且不可控的动作）；（2）不明原因的烦躁、易激惹、痛哭尖叫等（持续一段时间）；（3）对周围的人不感兴趣，沟通交往减少、避开与他人目光接触（这些症状被认为与自闭症类似）；（4）步态不稳、笨拙；（5）呼吸缓慢或呼吸加快、屏气；（6）睡眠障碍；（7）头部发育迟缓、头围较正常小；（8）进食，咀嚼，吞咽障碍、腹痛、腹胀和便秘等。

第三期：假性稳定期

通常在2-10岁之间开始，可持续数年。通常认为这一期是从第二期转变而来。此期较突出的症状包括（1）肢体乏力和运动困难；（2）手无法握持、操控物体，并且双手出现无目的的重复运动；（3）磨牙、舌头活动异常；（4）体重不增。

此外，许多患儿还会突发癫痫（痉挛抽搐），不规则呼吸（如屏气、呼吸快慢反复交替），有的可能还会出现心律异常（心律失常）。在这一期，早期出现的问题可能会有所改善，比如：（1）行为改善，如烦躁不安、易激惹和哭泣会有所改善；（2）对周围事物的兴趣增加；（3）警觉性提高，注意力增强，乐于与他人沟通交往；（4）行走能力改善（如果还未学会行走，会开始学习）。

许多女性一生中的大部分时间都停留在这一期。

第四期：晚期运动恶化期

第四期可持续数年甚至数十年。这个阶段的主要症状包括（1）脊柱向左或向右弯曲（脊柱侧弯）；（2）腿部或其他部位痉挛、僵硬；（3）丧失行走能力。

在这个阶段，手部重复动作可能会减少，目光凝视通常会改善。 癫痫发作在青春期和刚成年时会有所减轻，但可能会终生发作。