出血、疼痛、肿物是肛管癌最常见的临床症状，其中肛门疼痛是肛管癌主要特征，初时肛门不适，逐渐加重以致持续疼痛，便后更明显。另外还可出现大便习惯的改变和粪便性状改变，如排粪次数增加，常伴里急后重或排便不尽感，粪条变细、变形或带有黏液、脓血等。肿瘤较大的患者，临床上可出现肛门失禁等肛管括约肌受累的情况，有淋巴结转移者可在一侧或双侧腹股沟触及肿大淋巴结，质韧，可有疼痛。许多患者早期症状不明显或出现的症状与一些良性疾病无差别，在临床上常常被延误诊断。另外约有1/4的患者合并存在会阴部其他慢性疾病如肛瘘、湿疹、瘙痒、肛周脓肿等。
肛门疼痛;肛门瘙痒;里急后重;排便不尽感;肛管息肉;腹股沟淋巴结肿大;大便变细形似铅笔;黏液便
患者常因肛门有分泌物、周围瘙痒、下坠不适、便意不尽、刺痛，便时疼痛，伴有小量便血，便后有时间不等的持续痛，酷似肛门裂。
检查示在肛门缘或肛管皮肤上有一硬块，上有溃疡和分泌物，有触痛。有的患者有大便失禁、便意频繁、里急后重、脓血便，肛门变窄。指诊肛门患者感疼痛。肛管变硬，这表示癌已扩展，侵及肛门括约肌和邻近组织。即可诊断为肛管癌，肿块活检病理可以明确诊断。
