普通外科或肛肠外科医生会根据患者的临床症状，如厕习惯等等，做初步的诊断。询问病史以后，医生会做一些相应的专科检查。患者取侧卧位，执行检查的医生轻轻掰开患者臀部，通常在肛门上方就能看到裂缝。直肠指检是肛肠外科常用的检查手段，医生在手套上涂抹润滑剂后，会将戴手套的手指插入患者肛门来进行检查。但对于肛裂患者，通常不会用这个方法进行诊断，因为患者会感到非常疼痛。如果医生通过初步检查，觉得患者肛裂比较严重，他们会在使用麻醉剂减少患者痛苦的情况下，进行更全面的检查。有时候，对于通过简单治疗不见好转的患者，医生还会检测患者的肛门括约肌的（肛门括约肌是打开和关闭肛门的环形肌肉）压力。
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