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肠道细菌平衡收到干扰，使艰难梭菌繁殖产生使人生病的毒素
在每30名健康成年人中，约有1个人的消化系统中存在艰难梭菌细菌。 通常情况下，艰难梭菌常常是无害的，因为肠道中的其他细菌可以抑制它的生长。然而，当人们大量使用一些抗生素时，就会干扰肠道细菌的平衡，就可能导致艰难梭菌繁殖并产生使人生病的毒素。当这种情况发生时，患者会出现腹泻，并将艰难梭菌排出体外，导致其他人的感染。一旦艰难梭菌离开身体，细菌会变成称为孢子的抗性形式。它们可以在手部，物体表面（如厕所）和衣物等地方长时间存活。如果进入口腔，就会引发感染。艰难梭菌感染者在其症状清除后至少48小时内是具有感染性的。
