胎儿在母体中生长时，面部皮肤是从两侧向中间生长的，一般由于基因控制，这种生长过程非常精密，某些情况下，面部皮肤生长可能会出现异常，就会出现无法对合情况，这时候就会发生唇腭裂。唇腭裂的具体发病原因至今尚不明确。怀孕期间的行为对这种疾病的发生影响有很大的不确定性。不过以下情况跟唇腭裂发生是有一定联系的，例如：怀孕期间吸烟或饮酒的孕妇、肥胖的孕妇、叶酸摄入不足的孕妇、怀孕期间服用了某些药物（如激素和抗癫痫药物）都会加大风险。有时，染色体异常也会造成胎儿包括唇腭裂在内的一系列的生理畸形，如22q11缺失综合征和皮埃尔罗综合征。
