先天性精囊囊肿根据其发生的来源可分为精囊本身和胚胎期中肾管发育异常形成的两类囊肿。男性胚胎在发育过程中，中肾旁管，中肾管以及存留的一些中肾小管衍变成有用结构或退化无用，它们的某些部分常形成一些管状或泡状残余结构存留在睾丸、附睾或精囊的组织中，有的形成囊肿，有的则在生后的长期生活中，因某些因素引起异常增生形成囊肿。近来文献报告精囊囊肿的发生与常染色体显性遗传的成人多囊肾病有关。
精囊囊肿少见，多发生在中青年。先天性精囊囊肿为中肾管发育异常，常与同侧肾和输尿管发育不良、阙如或其他畸形同时发生。获得性精囊囊肿，多因炎症或经尿道前列腺切除术后使射精管梗阻而形成。精囊囊肿合并多囊肾时，其发病机制是由于多个器官的基底膜普遍缺失，其中包括精囊的基底膜缺失。
