目前已被公认的有甲、乙、丙、丁、戊五种肝炎病毒，分别写作HAV、HBV、HCV、HDV、HEV，除乙型肝炎病毒为DNA病毒外，其余均为RNA病毒。己型肝炎曾有报道，但至今病原分离未成功。
肝炎的发生有内因和外因，外因多为湿热或疫毒之邪；内因多系机体的正气亏损，如素体脾胃虚弱，气血不足者，或久病大病之后正气耗伤者，又感受湿热或疫毒之邪，两相搏结，则猝然而发。临床上根据邪正交争的不同态势，又可形成肝炎的不同临床证型和病程转归。
当湿热疫毒之邪侵入机体后，若正盛邪轻，则易于驱邪外出，临床上可不出现明显的临床症状，成为一过性感染或隐匿性感染；若正盛邪实，两相交争炽盛，临床上多表现为急性肝炎。急性肝炎系由于湿热入侵，蕴结不解，郁而化毒，弥漫三焦，上不得宣，下不得泄，首犯脾胃，结于肝胆，使其脏腑功能失调。脾主运化，脾胃失调，则导致脾困不运，胃纳不健。又因肝藏血，主疏泄，喜条达，肝受侵扰，即可出现肝郁不舒，气机阻滞，进而导致气滞血瘀，发生一系列气血失调的病证，临床表现有肝胃不和、肝脾不调、气滞血瘀等证。肝胆相表里，肝郁或肝热迫使胆汁外泄，使其不能循于常道，以致溢于肌肤，身目俱黄，此即为急性黄疸型肝炎。若湿热阻于气分，或湿重于热，肝热未迫使胆汁外泄，尚能循其常道，没有出现黄疸者，则为急性无黄疸型肝炎。
若正虚邪恋，正邪相持，虚实兼夹，则病情缠绵，迁延不愈，转变为慢性肝炎。湿为阴邪，黏滞难解，热为阳邪，其性燥烈，湿热毒邪，经久不解，日久必导致全身阴阳气血的虚损，其转归有二：一为热重于湿，热易煎灼阴液则出现阴虚为主的临床表现，如肝阴虚、肾阴虚、肝肾阴虚或阴血不足等；二为湿重于热，湿易阻遏气机，耗损阳气，则出现阳虚为主的临床表现，如脾气虚、脾阳虚、肾阳虚或脾肾阳虚等。慢性肝炎与急性肝炎的病因病机，既有联系又有区别，相同的是湿热毒邪从急性阶段迁延至慢性阶段，始终邪未清除；不同的是慢性阶段，除有全身的功能失调症状外，更因湿热毒邪蕴伏不解，正气衰退明显，可导致各脏腑阴阳气血的严重虚损。若慢性肝炎日久不愈，气血凝滞，脉络瘀阻，形成积，血瘀水停，经隧不利，最终形成臌胀，则演变成肝硬化。若正虚邪实，正气不支，湿热毒邪炽盛，迅速传里入血，或迫血妄行，血溢络外，或血热迫使胆汁外泄，产生出血、黄疸，或因热生痰，内扰心神，痰热蒙闭心窍，导致昏厥、谵妄、痉挛等症状，此即为重型肝炎，终致邪陷正虚，气阴耗损，闭脱并见，此即为肝昏迷之临床证候。
由此可见，肝炎的病因病机，因正邪之交争状态不同而复杂多变，须根据病人的临床表现而具体分析。从现代医学对病毒性肝炎的发病机制来看，一为肝炎病毒侵入人体，其毒力之强弱、感染之轻重与中医所谓的邪之盛衰相当。二为机体的抵抗力低下，主要包括免疫反应功能低下，组织修复能力不足，功能代偿失调等，与中医所谓之“正气不足”相当，所以由肝炎病毒之不同类别及免疫力的不同状态，从而产生病毒性肝炎的不同临床表现。中西医在病因病机的认识上有共通之处。
