季节性情感障碍的确切原因尚不完全清楚，但它往往与秋季和冬季白天较短、阳光下暴露较少有关。主要的理论是，缺乏阳光可能会阻止下丘脑的正常工作，这可能会影响：

（1）褪黑激素的产生：褪黑激素是一种让人感到困倦的激素，有季节性情感障碍的患者，褪黑激素的水平高于正常人。

（2）血清素的产生：血清素是一种影响情绪、食欲和睡眠的激素，缺少阳光会导致血清素水平降低，这与抑郁情绪有关.

（3）身体的内部时钟（昼夜节律）：身体利用日光照射时间来调节各种重要的功能，因此在冬季较少的日光照射时间可能会破坏生物钟，导致季节性情感障碍的症状。

另外，一些人更容易罹患季节性情感障碍，是因为他们有易感基因或家族遗传史。