1.多数学者认为是胚胎期鼻颊膜或咽颊膜不能吸收穿透和与口腔相通，构成原始后鼻孔而成为闭锁的间隔，此间隔可能为膜性、骨性或混合性，闭锁部间隔可以菲薄如纸，也可厚达12毫米，但多在2毫米左右。其间

1.多数学者认为是胚胎期鼻颊膜或咽颊膜不能吸收穿透和与口腔相通，构成原始后鼻孔而成为闭锁的间隔，此间隔可能为膜性、骨性或混合性，闭锁部间隔可以菲薄如纸，也可厚达12毫米，但多在2毫米左右。其间亦可形成小孔，但通气不足，称为不完全性闭锁。闭锁常位于后鼻孔边缘软腭与硬腭交界处，向上后倾斜，附着于蝶骨体，外接蝶骨翼内板，内接梨骨，下连腭骨。闭锁间隔上下两面皆覆有鼻腔黏膜。2.胚胎发育过程中有后鼻孔出现，后来被上皮栓块所堵塞，此种上皮组织转化为膜性或骨型间隔。3.后鼻孔周围组织增生而闭锁，增生部分来自颚骨、翼内板等。

本病的胚胎发生学迄今不甚清楚，可能原因有以下几种：①颊鼻膜未自行破裂；②颊咽膜上端未溶解；③骨性后鼻孔异常发育；④鼻突和腭突异常发育；⑤上皮栓块演化学说；⑥孕妇子宫内膜炎后遗和遗传因素等，目前大多认同颊鼻膜胚胎性残留学说：正常胚胎第27天至第6周时，位于原始鼻腔与原始口间的间隔——颊鼻膜应消失而形成原始后鼻孔，如果此膜所含间叶组织较厚，未能吸收、穿透，则形成闭锁间隔，间隔内残留间质的多少决定闭锁为膜性、骨性或混合性。闭锁隔病理上由三层组成，即鼻腔黏（骨）膜、鼻咽黏（骨）膜和中间的骨板层（偶尔含软骨、肌肉纤维、淋巴组织），大多周边厚而中央呈小凹陷。闭锁隔大多位于硬腭后缘前方，向后上方斜行附于蝶骨体底部，其外缘与蝶骨翼内板和腭骨垂直板相连，内缘与增厚、变宽的犁骨后缘融合，下连腭骨。闭锁隔厚薄不一，1～12mm，但大多在2mm左右，有时闭锁隔中央尚余小孔，仍可通气而成为不完全性闭锁。
先天性CCA遗传学背景不明，多散发于个体，有个案报道单卵双胞胎同时患单侧CCA，还有一组报道6例兄妹共患双侧后鼻孔骨性闭锁，其中3例为父母近亲结婚。CHARGE连锁是一组相关的先天畸形，其中“C”指视网膜缺损，“H”指心脏有缺损，“A”为后鼻孔闭锁，“R”指发育迟缓和（或）中枢神经系统畸形，“G”指生殖器官发育不良，“E”指内耳畸形和（或）耳聋。