本病由传染性软疣病毒（MCV）引起。MCV 为痘病毒科中能感染人类的4个病毒属之一，该病毒在负染电镜下呈“砖形”，大小约300nm ×310nm，拥有大的、线型双股DNA结构，衣壳对称，外包以囊膜。DNA 在受感染细胞的细胞质内进行复制，并通过基因缺失、易位和重组等使细胞功能发生改变。目前做病毒培养及动物实验均未成功。
本病主要通过直接接触传染，也可通过物品间接触传染如毛巾、衣物、公共浴池等，还可通过性接触传染，也可自身接种。该病通常只是散发，偶有暴发。对获得性免疫缺陷病（AIDS）、结节病、白血病，使用皮质激素及免疫抑制剂者，Atopic 体质者，可发生广泛性皮损。
表皮高度增生，表皮突肥大，并向下伸入真皮，形成多数梨形小叶，彼此相邻，其间的真皮乳头因挤压而成为狭小的间隔。基底细胞大致正常，一般不被感染。感染细胞最先出现于棘层下部，病毒包涵体在棘细胞内为一个均一、红染、嗜酸性卵圆形小体，称为软疣小体。软疣小体随病变细胞向上移动而逐渐增大，至表皮中部时，软疣小体将胞核挤至细胞边缘部呈半月形，至颗粒层软疣小体由嗜酸性变成嗜碱性，至角质层大量嗜碱性软疣小体嵌于角质层的网眼中。在病变中心，增大的软疣小体最终突破角质层，形成火山口样开口。软疣小体内含有大量的软疣病毒。
电镜观察：细胞内成束的张力丝间可见成堆的病毒颗粒，细胞内细胞核膜模糊，甚至消失，线粒体肿胀，嵴不清晰或消失，严重者胞浆内线粒体、内质网等细胞器消失，出现空泡化。
