病因分先天性和后天性。1.先天性会厌先天性发育畸形，黏膜下形成小囊。出生后，随着发育，小囊也逐渐扩大。里面充满黏液，逐渐形成囊肿，即为先天性会厌囊肿。2.后天性喉慢性炎症、机械刺激和创伤，引起会厌黏膜内的黏液腺出现腺管阻塞，腺体内分泌物堆积，而形成后天性会厌囊肿。常见的有潴留囊肿和表皮样囊肿。潴留囊肿多见于会厌舌面，表皮样囊肿多见于会厌谷中。
粘液囊肿囊壁很薄，色灰白，囊壁内层以柱状上皮居多，内含浅黄水样粘液。潴留囊肿囊壁也较薄，囊壁内层可为鳞状，立方或柱状上皮，内含黏稠乳白色或淡褐色糊状物。表皮样囊肿色黄，囊壁外层为纤维组织，内层为复层鳞状上皮，囊内充满鳞状细胞碎屑。
