正常人细胞中有一对性染色体，女性为两条X染色体，男性为一条X和一条Y染色体。但是，无论男性还是女性，一条X染色体就足以满足任意细胞对X染色体的功能需求。

女性的两条X染色体中，有一条会在胚胎发育早期大部分失活，并且由这些早期细胞分裂形成的子代细胞也保持着这条X染色体失活的状态。染色体失活是随机的，所以女性有的部位是其中一条X染色体处于激活状态，而其他部位是另一条染色体处于激活状态。

儿童大脑中的一半细胞正常（使用具有完整MECP2基因的X染色体），而另一半异常时（它们存活但不能像正常细胞一样工作，因为它们使用的是MECP2基因突变的X染色体），通常会诱发雷特综合征。

罕见的男性雷特综合征也可发生，比如，当男性出生时多一条X染色体导致细胞中有三条性染色体时（XXY，称为先天性曲细精管发育不全综合征或Klinefelter综合征），或者在有的男孩的体细胞中也可见到这种变化（称为染色体镶嵌或镶嵌现象）。与女性一样，这可导致大脑细胞受损、功能紊乱。

如果男性唯一的X染色体上携带异常MECP2基因，那么患儿通常会患严重脑部疾病，这可导致患儿夭折。

MECP2基因突变较少的男性，虽然可能会存在学习障碍，但一般不会影响寿命。女性两条X染色体中只有一条出现较少的MECP基因突变时，通常是完全健康的，因为未发生突变的X染色体能够弥补突变染色体上的这类遗传错误。