由于肝肉芽肿与临床上一些较少见的疾病有关，故肝肉芽肿的鉴别诊断是医学上最有争论的问题之一。组织病理特征和肉芽所在的部位可提示病因，然而活检标本的组织学培养常为阴性。10%～25%肺外结核的活检标本，经适当的染色后可证实抗酸杆菌，发现肝肉芽肿主要有助于对许多导致肝内肉芽肿反应的疾病引起注意。特异性诊断主要依赖于培养或从其它部位所取的组织活检，血清学试验或皮肤试验。一般说来，很少采用肝组织活检来达到特异性诊断。肝组织活检不能应用于获得性免疫缺陷综合征患者。以往的报道表明，许多发热和具有异常生化结果的患者，通过染色和培养可证实非典型的分枝杆菌和其他微生物。
伴发肝肉芽肿患者，应仔细询问既往疾病、职业或环境状况、有无服药史等，体检应包括皮肤视诊、淋巴结触诊，胸片有助于发现结节病、肺结核及真菌性疾病，肝穿刺组织活检标本经特殊染色后作连续薄切片，发现抗酸杆菌、真菌、异体物质、细菌、分枝杆菌明显增加。肝穿刺组织活检、血和骨髓真菌培养亦有一定价值。
总之，本病诊断较为困难，可结合患者病史、临床表现及实验室检查结果进行综合分析，如组织胞浆菌病或真菌病的肉芽肿，可从尿、前列腺液、骨髓或肝脏组织培养中得到阳性结果。若转氨酶升高、免疫球蛋白和蛋白电泳有异常改变，皮肤试验（结核菌素）及有关疾病的血清学检查（如波状热作布氏杆菌凝集反应等）仍不能诊断，可考虑作肝穿刺组织活检。