结膜囊分泌物细胞学检查：可发现与过敏因素有关的嗜酸性粒细胞增多。巨大的乳头被覆以增厚的、不规则且有许多隐窝的结膜上皮细胞。在许多病例可以观察到表层上皮糜烂和相应的荧光素染色。电镜下，可见上皮细胞大小各

结膜囊分泌物细胞学检查：可发现与过敏因素有关的嗜酸性粒细胞增多。巨大的乳头被覆以增厚的、不规则且有许多隐窝的结膜上皮细胞。在许多病例可以观察到表层上皮糜烂和相应的荧光素染色。电镜下，可见上皮细胞大小各异，失去正常的多角形态。其表面的微绒毛呈扁平、簇状和分枝状。巨乳头性结膜炎的黏液分泌增加与覆盖乳头表面的结膜表面积的增大有关。巨乳头性结膜炎的典型特征是结膜实质层发生嗜酸性粒细胞、肥大细胞、嗜碱性粒细胞、淋巴细胞和浆细胞浸润。

１.睑结膜的巨大乳头：两种疾病在外观形态上常难以区分。但睑结膜的巨大乳头大多发生于青春期的儿童，多在20岁消失，是一种非常严重的疾病，与戴接触镜无关。巨乳头性结膜炎一般与戴接触镜有关，不伴随角膜溃疡和角膜混浊。睑结膜的巨大乳头患者结膜刮片一般有嗜酸性粒细胞存在，而巨乳头性结膜炎患者的存在率仅占25%。同样，睑结膜的巨大乳头患者有嗜酸性颗粒，而巨乳头性结膜炎患者则不存在。睑结膜的巨大乳头患者泪液的组胺水平显著升高，而巨乳头性结膜炎患者则无明显升高。
２.细菌性结膜炎：偶尔细菌性结膜炎也与巨乳头性结膜炎症状相似，但细菌性结膜炎的分泌物多为脓性，呈白色黏稠性。少数衣原体、腺病毒和原发性疱疹性结膜炎的滤泡与巨乳头性结膜炎的巨大乳头相混淆，可借接触镜或其他眼假体配戴史相鉴别。