１.组织病理检查
可见癌细胞呈梭形，核大深染，无细胞间桥，呈浸润性生长，标本采集可有刮除，削除，针刺和切除方法等。
２.免疫组织化学
基底细胞癌细胞角蛋白染色阳性，alpha-2和β1intergrin染色亦呈阳性，但细胞间黏附分子1(1CAM-1)，白细胞功能抗原la(LFA-la)和血管细胞黏附分子1(VCAM-1)阴性，有时肿瘤细胞HLA-DR抗原阳性，大多数肿瘤细胞P53蛋白表达阳性。
３.X线摄片，CT和MRI等检查
对估计癌肿的范围和侵犯层次有帮助。
１.结节型初期应与传染性软疣和老年性皮脂腺增生等鉴别，后者的损害中央常有充以角蛋白的点状凹陷。
２.溃疡型应与溃疡型鳞状细胞癌鉴别。
３.色素型应与恶性黑瘤等鉴别 基底细胞癌边缘内卷，有毛细血管扩张，色泽呈褐色，周围无色素晕，早期色素增加的基底细胞癌与传染性软疣，老年性皮腺增生则难区别，后者可见在损害中央有充以角蛋白的点状凹陷。
４.硬化型基底细胞癌质地似局限性硬皮病，但前者边缘常不十分清楚，最后诊断主要靠组织病理检查。
５.表浅型易与湿疹，银屑病，寻常疣，角化棘皮瘤，鳞癌或传染性软疣相混淆，但若注意其线形边缘，可资鉴别，当基底细胞癌表面有明显结痂或鳞屑时，应与寻常疣，角化棘皮瘤和鳞癌等相鉴别，浅表型基底细胞癌则颇似湿疹，扁平苔藓，银屑病，但要注意其线形边缘不清楚，可与局限性硬皮病相鉴别，另外表浅型基底细胞癌的鳞屑易于剥去,但最终往往靠病理检查来确定。
６.纤维上皮瘤型应与纤维瘤鉴别。
７.囊性基底细胞癌应与其他皮肤囊肿鉴别，仅凭肉眼观察误诊率极高，必须通过组织病理学检查，方可确诊。
表现为眼睑局部不均匀增厚，表面凹凸不平，边界不清，易形成溃疡，呈火山口状外观（图4-4A～C）此形态较具特征。在CT上呈等密度，眶骨多无明显破坏改变，MR T1WI、T2WI呈等信号，增强后可见强化（图4-4）。病变向后可累及眶内结构。
