颅骨骨髓炎亦为较常见的并发症之一，可发生在额骨、上颌骨、筛骨及蝶骨，但以额骨多见，30岁以下的青年人易患之，女性多于男性。因其粘膜静脉粗大，且与颅骨板障静脉相通，当窦腔粘膜发生感染，易延及骨壁，发生感染。急性炎症期外加局部外伤，尤易诱发。上颌骨骨髓炎多见于小儿，多经血源性感染引起。筛骨骨髓炎及蝶骨骨髓炎均极少见。金黄色葡萄球菌为颅骨骨髓炎最常见的病原菌，其次为溶血性链球菌、肺炎球菌、厌氧性链球菌及流感杆菌。
颅骨骨髓炎可分为急性和慢性。急性额骨骨髓炎，来势凶猛，常在急性额窦炎或手术后几天内发生。全身中毒症状明显，额窦区肿胀，明显压痛。重症者眼眶组织、眼睑亦肿胀，上睑下垂，复视等。可迅速恶化，发生颅内并发症。慢性者全身及局部症状均较轻微，局部常有瘘管流脓，并可反复急性发作。上颌骨骨髓炎因婴幼儿上颌骨髓腔较多，骨质疏松；内含两列牙蕾，且缺乏粘膜保护，窦腔较狭小，故上颌骨骨髓炎发生率较高。上颌骨骨髓炎常可蔓延至面部软组织、翼腭窝，发生脓肿，或于牙槽、眶下、硬腭处溃破，形成瘘管。重症者引起败血症、颅内感染等。